β-纤维蛋白原-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性研

目的 通过检测胆囊癌患者β-纤维蛋白原（Fgβ）-455G/A基因，探讨Fgβ-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性。方法 采集50 例胆囊癌患者（胆囊癌组）和50 例胆囊结石伴慢性胆囊炎患者（胆囊炎组）的静脉血，应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）方法对Fgβ-455进行基因分型。 结果 Fgβ-455 基因GA杂合型和AA纯合子在胆囊癌中的频率显著高于胆囊炎组，显著增加胆囊癌发生的危险性，OR值（95%CI）分别为2.526（1.052～6.068）和4.306（1.177～15.749）。结论 Fgβ-455G/A位点G/A单个碱基的改变可能在胆囊癌的发病中起着重要的作用。     

CLDN16 基因突变致家族性低镁血症高钙尿症与肾钙质沉着症1 例报告并文献复习

目的探讨家族性低镁血症高钙尿症和肾钙质沉着症(FHHNC)的临床特征和致病基因特点。方法分析1例2月龄FHHNC女性患儿的临床资料。结果患儿血镁低,尿钙高;肾脏超声提示肾髓质回声增强;多次尿培养大肠埃希菌。基因测序显示患儿CLDN16基因2处杂合变异c.324+1GC,c.317CT(p.Ser 106 Phe)。予抗感染及25%硫酸镁、门冬氨酸钾镁、10%枸橼酸钠口服治疗,病情好转。结论 FHHNC罕见且预后差,目前除肾移植外无特殊治疗方法,基因检测有助于早期诊断。     

溃疡性结肠炎薄白苔和黄腻苔患者的肠道菌群特征分析

  目的：通过分析溃疡性结肠炎(UC)薄白苔、黄腻苔患者的肠道菌群特征,探讨UC患者舌苔与肠道菌群之间的关系。  方法：选取UC薄白苔患者、UC黄腻苔患者、健康对照者各35例,分别设为UC薄白苔组、UC黄腻苔组、健康对照组。收集粪便标本,采用16S rDNA基因测序分析技术和生物信息学方法分析比较各组肠道菌群的多样性和丰度。  结果：①与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群物种的丰富度和多样性降低(P＜0.001),肠道菌群物种数量减少；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群丰富度差异无统计学意义(P＞0.05),但肠道菌群物种数量减少。②门水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔、黄腻苔组患者肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)减少(P＜0.05)；与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群中蓝细菌门(Cyanobacteria)增多(P＜0.05)。③属水平差异分析:与健康对照组比较,UC薄白苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、链球菌属(Streptococcus)等增多(P＜0.05),罕见小球菌属(Subdoligranulum)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)；UC黄腻苔组患者肠道菌群中埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、乳杆菌属(Lactobacillus)等增多(P＜0.05),多尔氏菌属(Dorea)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、罗氏菌属(Roseburia)等减少(P＜0.05)。与UC薄白苔组比较,UC黄腻苔组患者肠道菌群链球菌(Streptococcus)增多(P＜0.05),巨球型菌属(Megasphaera)、拟普氏菌属(Alloprevotella)、普氏菌属(Prevotella)、奈瑟氏菌属(Neisseria)等减少(P＜0.05)。④LDA判定(纲、目、科水平):UC薄白苔组患者肠道菌群中普氏菌科(f_Prevotellaceae)、奈瑟氏球菌目(o_Neisseriales)、奈瑟氏球菌科(f_Neisseriaceae)丰度显著多于UC黄腻苔组(LDA＞2.0),UC黄腻苔组患者肠道菌群中杆菌纲(c_Bacilli)、乳杆菌目(o_Lactobacillales)、链球菌科(f_Streptococcaceae)、消化链球菌科(f_Peptostreptococcaceae)丰度显著高于UC薄白苔组(LDA＞2.0)。  结论：UC薄白苔、黄腻苔患者肠道菌群丰富度和多样性均较健康者明显下降；UC薄白苔患者和UC黄腻苔患者在肠道菌群组成和细菌丰度上均存在差异,黄腻苔患者肠道致病性细菌增多而具有潜在保护作用的细菌减少；肠道菌群检测可以为舌诊现代化提供一定的信息。     

基于Klotho基因的生物活性探讨中医“心肾相交”理论

"心肾相交"是指肾水上济于心,心火下降于肾。Klotho作为肾精的物质基础,在生理功能上与肾精作用相同,二者均秉承于父母,具有抗衰老、主生殖和生长发育、保护骨骼调节钙磷代谢等功用。Klotho衍生物可溶性Klotho(soluble Klotho,sKlotho)延续了Klotho的生理功能,并参与调节心肌细胞和血管平滑肌细胞的钙离子代谢,抑制钙离子沉积,调节脉道,保护心血管,具有交通心藏系统的功能。Klotho基因的这种微观调节作用,使得心藏系统和肾藏系统之间的关系更加紧密,加强了中医心肾之间的交互关系,也丰富了中医"心肾相交"理论。     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

A prognostic signature based on immune-related genes for cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma

Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma (CESC) is the fourth commonest female malignancy worldwide. CESC progresses in immune-microenvironment mainly composed of infiltrating immune and stromal cells. Here, we performed an integrated analysis incorporating the expression profiles from the Cancer Genome Atlas (TCGA) database and scores of immune and stromal cells calculated by Estimation of Stromal and Immune cells in Malignant Tumours using Expression data (ESTIMATE) algorithm. A two-gene signature (CD1C and CD6 genes) was established to predict the prognosis of CESC. Based on this signature, patients were divided into the high- and low-risk groups, and this signature showed good prognostic performance according to the results of Kaplan-Meier analysis and receiver operating characteristic (ROC) analysis in train set and two validation sets. A nomogram was built for evaluating the clinical applicability of this signature. In addition, based on Tumor Immune Estimation Resource (TIMER) database, 2 hub genes showed negative correlations with tumor purity and positive correlations with infiltrating levels of immune filtrating cells. What’s more, we propose new treatment strategies for the two prognostic subtypes. Low- risk patients were found presenting with a higher level of immune checkpoint molecules and showing higher immunogenicity in immunophenoscore (IPS) analysis, which indicated a better response for immunotherapy. Meanwhile, estimated by Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) database, the high-risk patients showed sensitive responses to five chemotherapy drugs. Finally, 10 candidate small-molecule drugs for CESC were defined. In summary, the CD1C-CD6 signature can accurately predict the prognosis of CESC.     

下调REV7基因对于人结肠癌HCT116细胞放射敏感性影响及机制研究

目的 研究下调REV7基因表达对人结肠癌HCT116细胞放射敏感性影响及其机制。方法 对HCT116细胞进行培养并运用RNA干扰技术实现REV7基因下调,将细胞分为空白组、转染阴性RNA oligo片段阴性对照组、转染REV7 RNA oligo的REV7基因下调组。克隆形成实验反映细胞增殖水平,蛋白印迹法检测相关基因表达水平、细胞凋亡发生水平和非同源末端连接途径发生水平。结果 6Gy照后REV7 siRNA组细胞克隆形成率降低(P<0.05)。REV7 siRNA组REV7基因下调效率>60%。REV7 siRNA组γH2AX、Caspase9表达升高(P<0.05),Ku80、XRCC4表达降低(P<0.05)。结论 下调REV7基因能提高HCT116细胞放射敏感性,其机制可能与下调REV7后非同源末端连接的发生被削弱有关。     

X- 连锁迟发性脊椎骨骺发育不良一家系TRAPPC2 基因变异分析

目的分析由TRAPPC2基因变异致X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(SEDT-XL)的临床及基因变异特点。方法回顾分析1个SEDT-XL家系的临床资料及基因检测结果。结果先证者,9岁2个月,因生长缓慢就诊,语言、运动及智力发育正常。身高115 cm(-3SD),臂间距109 cm,上部量56 cm,下部量59 cm,体质量21 kg,招风耳,尖下颌,牙列不齐,颈短,脊柱侧弯,心肺腹未见异常。采集先证者及其父母和舅舅的外周血行全外显子测序,结果显示先证者TRAPPC2基因4号外显子区域存在1个半合子变异c.115delC,导致氨基酸改变p.Q39Sfs*3。该半合子变异来自其母亲,其舅舅存在相同的半合子变异位点。结论 TRAPPC2基因4号外显子区域c.115delC突变为该家系SEDT-XL的致病原因。